Cette formation à la recherche par la recherche a permi l'acquisition et la maîtrise des aspects conceptuels et méthodologiques spécifiques à l'écologie microbienne située à l'interface entre Microbiologie, Ecologie et d'autres disciplines concernant l'homme, l'animal, les plantes, le sol et l'eau.
    L'organisation de ce parcours Recherche repose sur le pôle lyonnais de Microbiologie et d'Ecologie Microbienne consitué d'équipes de l'Université Claude Bernard - Lyon1 (Sciences, Médecine, Pharmacie), de l'INSA de Lyon, et de l'Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon. Ces équipes, réparties dans toute la france ont participé aux différents enseignements principalement axés sur:

• étude des interactions :
  • entre micro-organismes et l'environnement,  
  • entre les populations microbiennes,  
  • entre microorganismes et les organismes supérieurs végétaux et animaux
• étude du rôle microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes naturels ou anthropisés
• étude des mécanismes du pouvoir pathogène des microorganismes et des réactions de l'hôte
• exploitation des activités microbiennes dans les domaines de la santé, l'agronomie, l'environnement et l'industrie
• méthodologies et outils moléculaires et biochimiques permettant:
  • de détecter et de caractériser les micro-organismes en milieu naturel
  • d'étudier leur diversité
  • de mesurer leur activité  
  • d'évaluer leur pathogénicité
  • d'étudier leur devenir en environnement complexe

Les domaines d'application s'organisent en trois principaux axes:

* santé : pouvoir pathogène (virus, bactéries, champignons, protistes) et réceptivité de l'hôte, épidémiologie, homéostasie des écosystèmes (homme, animal), vaccination, prophylaxie.

* Agronomie et agro-alimentaire: optimisation des productions végétales (fertilisation, inoculation microbienne, lutte biologique, ...), optimisation des productions animales (hygiène, prophylaxie, probiotiques, qualité microbiologique des aliments, ...)

* Protection de l'environnement : dépollution minérale et organique, dégradation des xénobiotiques, contrôles de la dissémination des germes, Sécurité des aliments, protection du consommateur assurance qualité

Photographie d'un gel d'agarose après une électrophorèse réalisée au cours de mon stage de Master recherche.

Diplôme

Notes

Compétences acquises